1958年，因研究橡胶战略需要，华南亚热带作物科学研究所（现名：中国热带农业科学院）从广州迁至海南儋州，留驻穗办事处在广州，设立华南亚热带作物科学研究所留穗办事处。

1966年，因文化大革命停办。

1978年，为适应华南热带作物研究院、华南热带作物学院（又称“两院”）的科研教学需要，经报原广东省革命委员会批复，恢复成立华南热带作物研究院、华南热带作物学院广州办事处。

1994年，更名为中国热带农业科学院广州办事处。

2002年，按照科技部、财政部、中编办等有关科研机构体制改革的要求，中国热带农业科学院广州办事处更名为中国热带农业科学院广州实验站，转为农业事业单位。